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Base de Connaissances
sur les Coraux des Mascareignes

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SHOALS - île Rodrigues

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Historique

Publié le 24 décembre 2006, mis à jour le 26 novembre 2009

Toutes les versions de cet article :

Le projet Base de connaissances sur les coraux des Mascareignes, débuté en 1996, est le fruit de la réunion de deux disciplines, l’informatique et la systématique, à travers le travail de Noël Conruyt, maître de conférence à l’université de La Réunion, et de Gérard Faure, alors professeur à l’ISIM (Université de Montpellier II). N. Conruyt apportait une méthode et un outil informatique de description en biologie, G. Faure apportait son expertise dans le domaine de la systématique des Scléractiniaires (les coraux), plus précisément ceux des Mascareignes. La mise en application des travaux de N. Conruyt fut rendue possible grâce à la collection – environ 4000 spécimens – récoltée par G. Faure et qui a servi de base à la réalisation de l’annexe systématique de sa thèse (1982).

Cette vision pluridisciplinaire d’un outil informatique appliqué aux coraux, reposant sur cette collection unique et permettant de la valoriser, a permis d’investir le champ de l’informatique appliquée à la systématique et d’initier le développement du logiciel IKBS.

Chronologie

1994 - A la suite des travaux de thèse de Noël Conruyt (“Amélioration de la robustesse des systèmes d’aide à la description, à la classification et à la détermination des objets biologiques”, 1994), des idées de Jacques Le Renard (MNHN) et des développements du logiciel KATE par Michel Manago (Acknosoft), le projet d’un atelier de gestion des connaissances en sciences de la vie a vu le jour à le LIM-IREMIA, suite au recrutement de N. Conruyt dans ce laboratoire.

1995 - D’après une idée de Guy Ancel, le travail a débuté dans le domaine de la biologie marine, plus précisément sur les coraux, grâce à la participation d’un expert des Scléractiniaires : Gérard Faure.

1996 - Cette collaboration a permis de monter une première version du projet Coraux des Mascareignes. Déjà, des biologistes du MNHN et d’ECOMAR sont impliqués pour créer une base de connaissances sur le genre Pocillopora. C’est à partir de cette date que Nicole Gravier-Bonnet s’associe au projet.
En octobre, David Grosser vient compléter l’équipe en tant que doctorant avec, pour première tâche, le développement de l’atelier logiciel IKBS. Michel Pichon rejoint quant à lui l’équipe des experts. Pierre Gigord, alors Directeur de l’IREMIA, motive toute l’équipe et s’implique pour valoriser tout ce travail au travers d’un projet à faire financer.
Participation au 8ème congrès international sur les récifs coralliens (ICRS’1996) à Panama.

1997 - Une démonstration de travail coopératif à distance, entre experts, a lieu lors du MILIA’97 à Cannes.
A la fin de cette année, une première version d’IKBS est utilisable et l’on passe du genre Pocillopora à la famille Pocilloporidae (modèle de G. Faure).
En octobre, Yannick Geynet vient compléter l’équipe en tant qu’objecteur de conscience et développeur de l’interface du questionnaire IKBS sur le web ainsi que le site.

1998 - Une démonstration de cet environnement a lieu lors d’ATM Developments’98 en mars à Rennes. C’est aussi la naissance du premier site web.

Une convention est signée entre le Conseil Régional et l’IREMIA pour le financement de la phase II du projet Base de connaissances sur les coraux des Mascareignes. Projet qui compte désormais un nouveau modèle, celui de M. Pichon sur la famille des Fungiidae. G. Faure ajoute les modèles des familles Astrocoeniidae et Siderastreidae. C’est aussi cette année là que David Caron, notre photographe-graphiste, intervient pour la première fois sur le projet.

1999 - Une nouvelle version d’IKBS, la 2.2, est en préparation. Jean Diatta, nouveau maître de conférences, vient alors renforcer l’équipe et se concentre sur la partie traitement/analyse des données.

Une présentation d’IKBS est programmée lors de la réunion IFRECOR du 21 décembre à St-Gilles.

2000 - Participation au 9ème congrès international sur les récifs coralliens (ICRS’2000) à Bali.

2001 - Fin officielle de la phase II du projet (août). La réunion du rendu final met en évidence le besoin de rendre plus accessibles les résultats du projet.

2002 - D. Grosser soutient sa thèse intitulée "Construction itérative de bases de connaissances descriptives et classificatoires avec la plate-forme à objets IKBS : application à la systématique des coraux des Mascareignes". Une phase III est en préparation.

2003 - Projet soumis pour être financé.

2004 - La phase III est financée et débute en juillet. Participation au 10ème congrès international sur les récifs coralliens (ICRS’2004) à Okinawa.

2005 - Francesca Benzoni, membre du Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze de l’université de Milan, rejoint l’équipe des experts et travaille sur le modèle de la famille des Mussidae.
M. Pichon s’attache quant à lui au genre Acropora et G. Faure à la famille des Faviidae. Participation au 4ème congrès scientifique WIOMSA.
Réunion-bilan à mi-parcours au Conseil Régional en octobre.

2006 - G. Faure met en place un modèle permettant d’identifier les genres à partir de l’ordre des Scléractiniaires grâce à Xper², outil développé au LIS. Une partie de l’équipe est accueillie par le SHOALS pour une mission sur Rodrigues à la fin de l’année avec l’"équipe Hydraires" d’ECOMAR. C’est aussi à cette période que Guillaume Dubus, du LIS, se rend à La Réunion pour 9 mois et continue son travail sur Xper².

2007 - F. Benzoni soutient le 14 juin sa thèse intitulée "Le problème des frontières entre espèces chez les coraux scléractiniaires : le cas du genre Psammocora". Dans la foulée, M. Pichon nous rejoint 15 jours à La Réunion pour, entre autre, terminer Acropora. Participation au 5ème congrès scientifique WIOMSA.

2008 - En mai, présentation des résultats du projet dans le cadre d’une exposition dans le hall du Conseil régional de La Réunion. Édition d’une plaquette et d’un CD. Organisation d’ateliers de démonstration pour l’identification de coraux à l’intention des scolaires. C’est aussi la finalisation de la liste des espèces de Scléractiniaires présentes dans les Mascareignes.

L’aventure continuera-t-elle lors d’une phase IV ?

2009 - En août, participation au 6ème congrès scientifique WIOMSA.


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